Шоколадна алергія, яка в основному є алергією на білки какао-бобів, сама по собі є одним з найрідкісніших видів харчової алергії.
Симптомами можуть бути свербіж шкіри, кропив'янка, почервоніння, головний біль, свербіж прямої кишки, психічні розлади, затуманення зору, утруднене дихання, кашель або навіть анафілактична реакція через кілька хвилин - а то й днів пізніше - після вживання шоколаду.
У випадку алергії на шоколад набагато частіше у скаржника буває алергія не на какао-боби, а на один з інших інгредієнтів шоколаду (молочний білок, молочний цукор, соя, клейковина, фундук, кофеїн, кукурудза, штучні підсолоджувачі, штучні ароматизатори та барвники). Іноді взаємодія між шоколадом та звичайними ліками (наприклад, флуоксетином, іншими ліками, що застосовуються для запобігання селективній депресії зворотного захоплення серотоніну) може викликати симптоми.
У контексті шоколаду набагато частіше симптоми виникають через непереносимість гістаміну. Гістамін зазвичай розщеплюється в печінці під дією ферменту, який називається діаміноксидаза. Люди зі зниженим виробленням цього ферменту можуть відчувати алергічні симптоми після вживання їжі, багатої гістаміном: головний біль, мігрень, запаморочення, нудота, біль у животі, здуття живота, діарея та печія після вживання шоколаду.