У 1990-х роках свідки на очах у слідчого, який займався крадіжкою секретних справ з колишнього штабу філії ШтБ у Тренчині, свідчили про співпрацю Мечіара зі Службою державної безпеки. За даними щоденника, Мечіару було підозріло, що після лагідної революції, коли він став словацьким міністром внутрішніх справ, у нього викрали файли.
Нібито Мечіар прийшов до ШтБ у той час, коли він був корпоративним юристом. За даними щоденника, він був близький до Дубчека, символу невдалої спроби пом'якшити соціальні умови в Чехословаччині наприкінці 1960-х років, через свого друга та шурина Дубчека Володимира Крайчі.
Про співпрацю Мечіара з ШтБ спекулювали з моменту падіння комунізму в Чехословаччині. Том про Мечіара як кандидата на таємну співпрацю з кодовою назвою Доктор був заснований у 1985 році. Однак із збережених документів не ясно, чи Мечіар свідомо співпрацював із таємною поліцією. За даними щоденника, особа, зазначена в категорії кандидата на таємну співпрацю, не повинна була знати про передбачувану співпрацю з ŠtB.
Мечіар, який більше не займається високою політикою, неодноразово стверджував, що не співпрацював зі Службою державної безпеки і що він не приводив Дубчека.