Генетична лабораторія займається пренатальною генетичною діагностикою, діагностикою спадкових захворювань та генетичною діагностикою, пов’язаною з онкологічними захворюваннями.
У галузі онкогенетичної діагностики ми проводимо генетичний аналіз соматичних варіантів при онкологічних діагнозах (онкогематологія, рак прямої кишки, скринінг раку шийки матки), а в області неонкологічної діагностики ми займаємося діагностикою та профілактикою захворювань, які мають спадкову основу включаючи пренатальну генетичну діагностику.
Онкогенетичні обстеження показані спеціалістами в галузі онкології для визначення діагнозу, контролю стану лікування та раннього виявлення початку рецидиву у онкологічних хворих.
Ми є спеціалізованим робочим місцем, зосередженим на широкому діапазоні онкогенетичних та неонкогенетичних досліджень - найширших на сучасному ринку. Ми виконуємо багато з них як єдине робоче місце в Словаччині чи Центральній Європі. Тести обираються не лише для того, щоб пренатальна діагностика, діагностика порушень фертильності, але також стала основою для лікування та моніторингу онкологічних хворих після лікування. Наша мета - надати клієнтам комплексний генетичний діагноз чоловічого та жіночого безпліддя, що веде до його персоналізованого лікування відповідно до генетичного обладнання та потреб конкретної пари.
Послідовність NGS в онкодіагностиці
Секвенування нового покоління NGS в даний час замінює класичні методи молекулярної біології для виявлення причинно-наслідкових мутацій пухлин. Основними перевагами NGS є тестування десятків генів одночасно, за набагато коротший час. Технологія NGS є важливим інструментом для скринінгу на рак у осіб з високим ризиком. Потенціал секвенування генів панелі NGS при онкодіагностиці може бути використаний для швидкої діагностики, профілактичного спостереження за пацієнтами, персоналізованої терапії та хірургічної профілактики.
Причини для неонкологічні генетичні тести це: вроджені вади розвитку або захворювання зі спадковістю в сім’ї, безпліддя - виявлення причин порушень фертильності, повторні викидні, мертвонародження, запланована вагітність після онкологічного лікування, сімейні стосунки, вагітність (вік матерів старше 35 років, позитивний результат ультразвукового дослідження або біохімічного обстеження, ризик повторних спадкових розладів у сім'ї, вплив зовнішніх впливів - наркотиків, іонізуючого випромінювання та інфекційних захворювань) та інші. Ми проводимо клініко-генетичне обстеження: аналіз особистої та сімейної історії обох партнерів генетична консультація в нашій генетичній клініці.
Сьогодні це невід’ємна частина пренатальна генетична діагностика також скринінг на генетично обумовлені захворювання, з певною групою в пренатальному скринінгу неінвазивне пренатальне тестування (NIPT). Medirex є регіональним лідером у галузі NIPT завдяки власним тестам, відомим як Тест TRISOMY з 2015 р. В даний час можна вибрати в портфоліо тестів TRISOMY базові (Тест TRISOMY a ТРІЗОМІЧНИЙ тест XY), а також просунутий (Тест TRISOMY + a Тест TRISOMY завершено) типи тестів, що відрізняються ступенем обстеженості хромосомних порушень. Найбільш відомими розладами, які вже були досліджені в базовому тесті TRISOMY, є трисомія хромосом 21, 18 і 13 (викликає синдром Дауна, Едвардса та Патау). З іншого боку, найширший тип тесту Тест TRISOMY Complete забезпечує повне сканування геному (згідно технічної специфікації та з урахуванням обмежень тесту), в якому досліджуються десятки відомих хромосомних аномалій, що викликають більш-менш відомі клінічні синдроми.
У генетичній лабораторії обстеження проводяться на трьох рівнях - цитогенетика, флуоресцентна гібридизація in situ a молекулярна діагностика. Ми встановили широкий спектр обстежень, за допомогою яких визначаємо точний діагноз пацієнта. Відділ клінічної генетики в Братиславі впроваджує найсучасніші генетичні тести з використанням послідовників NGS нового покоління з 2018 року, що дозволяє проводити панельні дослідження генів, клінічної екзоми або всієї екзоми.
Ми проводимо комплексну генетичну діагностику для пацієнтів
Методології, що використовуються в генетичній діагностиці
ЦИТОГЕНЕТИКА -) Коли є клінічна підозра на цитогенетичну аберацію, ми культивуємо різні типи біологічних матеріалів: навколоплідні води, ворсинки хоріона, кістковий мозок, периферичну кров та тканини. Результатом обробки культивованих матеріалів є каріотип (набір хромосом) пацієнта, який служить для виключення будь-яких хромосомних аберацій при диференціальному діагнозі.
РИБА - флуоресценція in situ гібридизація
Магнітне розділення патологічних клітин - використовуючи пристрій MACS, ми можемо відокремити патологічні клітини плазми від цілого кісткового мозку при множинній мієломі (ММ) або стовбурових клітинах. Принцип полягає у використанні ознак на поверхні клітин, напр. Використовується позитивний відбір Syndecan-1 та CD138 + у ММ. Поділом отримуємо популяцію клітин однієї лінії. Отримані таким чином клітини можна культивувати на цитогенетиці або безпосередньо на них проводити флуоресценцію in situ гібридизацію. Перевага полягає в отриманні суспензії клітин з високою часткою патологічних клітин, що підвищує чутливість і специфічність використовуваних методів.
М (багатобарвна) -РИБА - це методика, яка корисна для ідентифікації малих, складних міжхромосомних перебудов та так званих маркер хромосом, який неможливо виявити звичайною цитогенетикою.
mBAND (різнокольоровий BAND) РИБА - методика вигідна для визначення переломів, аналізу внутрішньохромосомних перебудов і може бути корисною для препаратів з коротшими хромосомами.
МОЛЕКУЛЯРНА ДІАГНОСТИКА
масивCGH - Метод масиву CGH (порівняльна геномна гібридизація) - це чіп-техніка. Він забезпечує інноваційний підхід до виявлення незбалансованих змін (делецій/дублікатів), розташування яких у геномі пацієнта невідомо заздалегідь. Метод у 100 разів більш чутливий, ніж каріотирування, і тому зміщує цитогенетичну діагностику на молекулярний рівень.
- aCGH є підходящим інструментом з високою роздільною здатністю для виявлення субмікроскопічних змін у геномі,
- застосування знайдено в пренатальній та постнатальній діагностиці,
- сприяє уточненню діагнозу, профілактиці, прогнозуванню, пошуку відповідного лікування та надає діагностичну інформацію для пренатального генетичного консультування,
- можливість застосування також у випадках, коли вирощування (амніоцити) не вдається,
- дозволяє вирішити незрозумілі результати інших методів ПЛР (NGS, QF-PCR, MLPA).
Мультиплексне лігування-залежне підсилення зонда (MLPA) - це метод, заснований на кількісному мультиплексному ПЛР, який використовується для виявлення відносної кількості копій конкретних послідовностей. За допомогою методу MLPA можна виявити широкий спектр геномних змін, зокрема більш масштабні делеції/дуплікації в генах або хромосомах. В даний час доступна велика кількість наборів MLPA для діагностики різних генетичних захворювань. Він використовується як скринінгова діагностика синдромів мікроделеції, а також знайшов величезне застосування при гематологічних злоякісних пухлинах.
Фіг. Аналіз MLPA - виявлення подвійної трисомії хромосом Х та 18.
QF-PCR (кількісна флуоресцентна полімеразна ланцюгова реакція)
Метод QF-PCR підходить для швидкого пренатального виявлення найпоширеніших анеуплоїдій (хромосом 13, 18 та 21) та для виявлення статі (X, Y) без попереднього культивування клітин навколоплідних вод (PV). Принцип методу полягає у розповсюдженні специфічних послідовностей ДНК (короткі тандемні повтори STR) за допомогою флуоресцентно мічених праймерів. STR - високополіморфні, короткі тандемні повторювані маркери, специфічні для кожної хромосоми. Метод QF-PCR заснований на порівнянні інтенсивності флуоресцентних сигналів, отриманих шляхом розповсюдження STR ДНК пари специфічних хромосом. Визначається співвідношення та кількість, у якій кожна пара та статеві хромосоми зустрічаються в геномі плода. Сигнал флуоресценції (пік) показує індивідуальні алелі індивіда. Порівнюючи висоту (оцінюючи відношення площі піку), ми отримуємо інформацію про кількість хромосом. Перевагою QF-PCR є здатність виявляти материнське забруднення у зразку ФВ, а також демонструвати батьківство, однороджену дисомію і навіть визначати зиготність близнюків.
Фіг. Електрофоретограма мультиплексної QF-ПЛР специфічних хромосом
Моніторинг рівня злитого гена BCR-ABL: мета полягає у забезпеченні якісної діагностики для моніторингу глибокої молекулярної відповіді пацієнтів із ХМЛ (хронічний мієлоцитарний лейкоз. Лише 2 лабораторії (Medirex as та NOU) у Словаччині отримали коефіцієнт перетворення (CF), який використовується для звітування про результати щодо міжнародного масштабу.
Ми проводимо комплексну діагностику хворих на ХМЛ:
- Діагностичне дослідження гена BCR-ABL методом мультиплексної ПЛР (визначення 8 типів BCR-ABL-розривів (b2a2, b3a2, e1a2, c3a2, b1a1, b3a3, b2a3, a1a3).
- Молекулярний моніторинг транскрипту BCR-ABL (акредитований).
- Виявлення мутацій у кіназному домені BCR-ABL.
Фармакогеномічні тести: Фармакогеномічні тести використовуються для перевірки індивідуальної чутливості до конкретного лікування. Деякі люди можуть потребувати вищих доз, щоб бути ефективними, тоді як інші можуть відчувати побічні ефекти від звичайних доз препарату. Medirex пропонує кілька фармакогеномічних тестів з 1 грудня 2013 року (5FU, CYP2D6, TPMT, IL-6).