Спільна дослідницька група Університету Сегед та Печ картографує зв’язки між генетикою та ступенем тяжкості Covid-19.

- У проекті Covid-19 HUNGEN я хотів би з’ясувати, чи визначає наша генетика перебіг коронавірусної інфекції у кожної людини: ми навіть не помічаємо, що ми підхопили коронавірус, або маємо слабкий симптом інфекції, або, можливо, розвиваються важкі ускладнення, - пояснив мету дослідження проф. доктор. Марта Шел - молекулярний біолог, керівник Інституту медичної генетики факультету загальної медицини Сегедського університету, професійний керівник спільного науково-дослідного проекту Сегедського університету та Covid-19 HUNGEN.

досліджують

У квітні дослідники з Сегедського університету та Печського університету склали план проекту, в якому дуже докладно описаний метод, критерії відбору та виключення, які будуть використовуватися для збору зразків у 1000 пацієнтів, інфікованих Ковідом, та способи їх обробки . Було висунуто гіпотезу про наявність генетично заснованих, так званих факторів, що схильні до розвитку, що сприяють розвитку важких захворювань у цих молодих, заражених Ковідом інфікованих осіб.

При підозрі на інфекцію Covid-19 відбирають пробу з глотки, а потім підтверджують так званим методом полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР). Потім із підтвердженого зараження дослідники беруть ще одне зішкріб із глотки, щоб визначити весь геном вірусу. Ізольована нуклеїнова кислота вірусу розміщується у біобанку Сегедського університету - це частина колекції зразків, розробленої під час дослідження, - і визначення послідовності було проведено в Печському університеті доктором. Це проводить Аттіла Джинесей та його дослідницька група.

На додаток до зіскрібків глотки, у кожного пацієнта беруть кров і проводять три типи досліджень крові. Вони реагують, наприклад, наскільки тіло людини реагувало на вірусну інфекцію, активуючи так звану гуморальну імунну відповідь. В іншому дослідженні загальну РНК виділяють із зразка крові, щоб визначити, як змінюється профіль експресії генів пацієнта в кровообігу в результаті зараження, тобто які гени активуються, а які гени замовчуються, і якою мірою в результаті інфекції. При третьому типі тесту геномну ДНК виділяють із зразка крові. Повне секвенування екзома проводиться з виділеної геномної ДНК, тому повна послідовність гена пацієнта, що кодує двадцять одну тисячу білків, визначається для кожного пацієнта.

Завдяки цьому масштабному дослідженню та порівнянню послідовностей, використовуючи референтні геноми, дослідники сподіваються змогти ідентифікувати гени та варіанти в генах, які передаються у спадок і які, як вважають, визначають та/або впливають на перебіг захворювання після інфекції Ковіда.

- В результаті нашого дослідження ми сподіваємось створити складну базу даних, що містить анамнестичні дані та кожен параметр перебігу захворювання для кожного з тисяч зразків заражених пацієнтів, а також створити збір проб для кожного пацієнта з чотирьох типи зразків. Це буде забезпечено нашою існуючою діяльністю в галузі біобанків в Університеті Сегеда, яка буде модернізована у постійно зростаючому масштабі відповідно до наших сучасних прагнень. Це дасть нам надзвичайно складний збір зразків біобанку для 1000 пацієнтів, інфікованих Covid, - сказала Марта Шелл.

Розроблений протокол чітко визначає розподіл праці між двома університетами. Університет Сегеда бере на себе левову частку біобанківської діяльності в цій роботі, а Печський університет бере на себе роботу лабораторії секвенування. Аналіз послідовності виконують два університети спільно, оскільки обидва університети мають великий досвід в обробці або геномних даних людини, або вірусних геномних даних, а також в аналізі та оцінці так званих транскриптомних даних.

- Ми створимо складну колекцію зразків з 1000 пацієнтів Covid, однак ми також зафіксували, що в початковому пілоті з 1000 пацієнтів ми обробимо дані лише 200 пацієнтів, а потім, проаналізувавши дані 200 пацієнтів, ми визначити, що додаткові 800 глибина і напрямок, в якому ми будемо продовжувати обробляти обробку даних про пацієнтів, - додав керівник Інституту медичної генетики Сегедського університету.

Завдання величезне і унікальне. Дослідники в Сегеді та Печі сподіваються, що після збору зразків та лабораторної обробки перших 200 пацієнтів генетична, транскриптомічна, серологічна та вірусна геномна обробка комплексного аналізу може бути завершена у першій половині 2021 року, згідно з нашими найбільш оптимістичними розрахунками . "Це надзвичайно складні та складні завдання, виконання та контроль яких вимагає дуже злагодженої роботи колег Печу та Сегеду для підтримки цього дуже масштабного проекту", - додав професор генетики з Сегедського університету.