У 2005 році остаточний супротивник Рафаеля Надаля у першому тріумфі Іспанії на турнірі Великого шолома "Ролан Гаррос", незабаром після цього він отримав позитивну знахідку стимулятора етилефрину.
Пуерта вже мав допінгову історію і їй загрожувала десятирічна дистанція. Однак він захистився, стверджуючи, що заборонена речовина потрапила в його організм помилково, коли він пив зі склянки води, в якій його дружина мала ліки від менструального болю. Спортивний арбітражний суд (CAS) скоротив покарання до двох років.
"Це пояснення було брехнею. Але я не отримав жодної спортивної переваги, я просто не хотів, щоб люди більше сприймали мене як обманщика". 41-річний аргентинець розповів La Nacion. Насправді в той час він приймав дієтичну добавку з кофеїном та женьшенем, які також містили сліди етилефрину: "Ми нічого не могли з цим зробити, тому що ми не купили таблетки, як би я сказав, законно. Мої адвокати порадили мені приховувати те, що насправді сталося".
Нову версію подій поставив під сумнів колишній тренер Пуерта Андрес Шнайтер. "Я запитав його, про що йдеться, і відповів, що він не знає. Я знав, що він бреше. Його відповідь не здалася мені чесною, я думав, що йому це недбало сподобалось". Шнайтер сказав AFP. Пуерта повернувся в 2007 році після закінчення дистанції, закінчивши свою кар'єру через два роки.