Крупська продовжувала писати з Леніним у в'язниці. Вона багато працювала, самостійно вивчала англійську мову. Її мати Єлизавета Василівна важко пережила арешт, і під приводом своєї хвороби вона намагалася якнайшвидше звільнити її. Але її прохання залишилися непоміченими. Вона була звільнена 12 березня 1897 р. До винесення вироку. Відразу після звільнення вона знову приєдналася до бойового союзу. Вона регулярно писала Леніну на засланні в селі Шушенське.
Наприкінці грудня 1897 р. Вони оголосили вирок Крупської: три роки заслання в Уфімській губернії. Крупська звернулася до Міністерства внутрішніх справ з проханням поїхати в село Шушенське, аргументуючи це тим, що вона збирається прикидатися політичним вигнанцем Володимира Ілжича Ульянова, і попросила скоротити вигнання до двох років, оскільки вигнання Леніна закінчилося 1900. Вона отримала Шушенського, але термін не був скорочений. У середині квітня 1898 року Надія разом з матір'ю Єлизаветою Василівною, яка вирішила перетерпіти заслання з дочкою, вирушила до Шушенко.