Там він був затриманий австрійською поліцією на підставі міжнародного ордера на арешт, виданого за ним у Німеччині у зв’язку зі справою Технополя. Викрадення Міхала Ковача-молодшого відбувся в атмосфері кульмінаційної суперечки між чинним на той час прем'єр-міністром Володимиром Мечіаром (HZDS) та Президент Міхал Ковач та справа відзначили словацьку політичну арену на наступні десятиліття.
Тоді слідчі визначили винуватцями викрадення членів Словацької інформаційної служби (СІС) під керівництвом її колишнього директора. Під час розслідування відбулося кілька обмінів слідчими та Міхалом Ковачем-молодшим. його звинуватили у Словаччині у сприянні злочину шахрайства. Після повернення сина президента з Австрії розслідування його викрадення було призупинено через відсутність доказів. Міхал Ковач-молодший до Німеччини, де він хотів дати свідчення у справі Технополя, його паспорт вилучили на прикордонному переході до Австрії.
У грудні 1997 року президент Міхал Ковач помилував свого сина. Кримінальне переслідування у Словаччині зупинилося проти нього, і він зміг звернутися до німецького суду, де його відпустили під заставу після короткого затримання. Після закінчення терміну повноважень Міхал Ковач Словаччина не обрала нового президента. Набуті повноваження використовував прем'єр-міністр Володимир Мечіар і амністував винних у викраденні сина президента.
Після парламентських виборів у 1998 році новий прем'єр-міністр і заступник президента республіки Мікулаш Дзурінда (SDK) вирішив видалити деякі статті в амністії Мечіара і дозволив поліції у справі про викрадення Міхала Ковача-молодшого. продовжувати працювати. Група депутатів HZDS звернулася до Конституційного суду, який постановив, що жодна амністія не може бути скасована або змінена. Тодішнє розслідування викрадення, яке стосувалося інших серйозних справ, супроводжувалося низкою кримінальних переслідувань, затримання колишніх службовців ШІС, конкретні звинувачення та їх подальше скасування.
Справа Технополя щодо викраденого Міхала Ковача-молодшого закінчився в лютому 2000 р., коли шестирічний судовий процес був зупинений судом Мюнхена, заявивши, що його засудження не можна було очікувати. Виплачена застава впала на користь Німеччини. Після кількох невдалих спроб зламати амністію Мечіара це вдалося 5 квітня 2017 року., коли депутати Національної ради Словацької Республіки своєю резолюцією, а також благодаттю колишнього президента Міхала Ковача, яку він подарував своєму синові, анулювали їх. 129 із 144 присутніх депутатів проголосували за прийняття новаторської резолюції. Законодавці також погодились, що діяння, які були амністовані, не повинні бути строковими. Відповідність затвердженої резолюції словацькій Конституції було підтверджено Конституційним судом 31 травня 2017 року.
Справа про запровадження Міхала Ковача-молодшого роками пізніше вона потрапила за кордон до суддів, які повинні приймати рішення щодо неї. Файли, пов’язані з цим, мають десятки тисяч сторінок.