Гістологічне та гістохімічне дослідження зразка, відібраного з тонкої кишки, хоча, як правило, передує серологічному дослідженню тканинної трансглутамінази та антиендомізіальних антитіл при клінічних підозрах, залишається вирішальним для остаточного діагнозу целіакії. У більшості випадків достатньо глибокої дуоденоскопії (аборально від сосочка Ватера), яку можна зробити під час планового гастрофіброскопічного обстеження.
Целіакія створює характерну гістологічну картину в дванадцятипалій кишці, в основі якої лежить проліферація інтраепітеліальних лімфоцитів і поступова атрофія ворсинок. Однак слід підкреслити, що вони аж ніяк не є патогномічними. Будь-яке тривале запалення викликає атрофію ворсинок, а інтраепітеліальний лімфоцитоз виникає у великій кількості інших одиниць захворювання (найпоширенішою причиною так званого вторинного інтраепітеліального лімфоцитозу в дванадцятипалій кишці є гастрит НР в антральному відділі). У цих випадках (і при діагностиці ускладнень целіакії, особливо лімфоми кишечника), забір із більш дистальних відділів тонкої кишки показаний за допомогою ієюзоскопії (1).