Фільм став найкасовішим фільмом 1986 року. Круїз продовжив величезний успіх Top Gun із низкою фільмів, що отримали критику та комерційну успішність, зокрема "Колір грошей" (1986), у якій зіграв Пол Ньюман, "Дощова людина". (1988), у ролі Дастін Гофман та режисер Олівер Стоун "Народився 4 липня (1989)", за якого Круз отримав номінацію на премію "Оскар" та "Золотий глобус" за найкращу чоловічу роль.
Круз одружився з актрисою Мімі Роджерс у 1987 році; подружжя розлучилося в 1990 році, в тому ж році, коли Круз зняв гоночну драму "Дні грому" з молодою австралійською актрисою на ім'я Ніколь Кідман. Незважаючи на те, що фільм був класичним і відносним провалом серед критиків і в прокаті, обидва виконавці головних ролей мали справжню хімію. Напередодні Різдва 1990 року Круз і Кідман одружилися в Теллурайді, штат Колорадо, після вихору залицянь.
У 1992 році Круз ще раз виступив з тим, що міг влаштувати свою власну протилежність екранній легенді - в даному випадку його важким партнером був Джек Ніколсон - у драмі військової зали "Кілька добрих людей". Демі Мур також знялася. Протягом наступних кількох років Круз зняв кілька фільмів із середньою популярністю, серед яких "Фірма" (1993) та "Інтерв'ю з вампіром" (1994), у якій Бред Пітт взяв головну роль, перш ніж знову вийшов у 1996 році з двома величезними хітами - $ 64 мільйонний блокбастер, "Місія: неможлива", яку також створив Круз, і високо відомий Джеррі Макгуайр, режисер Камерон Кроу. За останнього Круз отримав другу номінацію на премію Оскар та другий «Золотий глобус» за найкращу чоловічу роль.
Круз і Кідман провели більшу частину 1997 і 1998 років в Англії, знімаючи широко розкриті очі - еротичний трилер, який до смерті 1999 року стане відомим кінофільмом режисера Стенлі Кубріка. Фільм вийшов влітку 1999 року під різними відгуками. У 1999 році Круз з'явився у фільмі "Магнолія", який отримав багато критик, перетворившись на гучний спектакль як самовпевнений секс-гуру, який приніс йому нагороду "Золотий глобус" та номінацію на премію "Оскар" за найкращу чоловічу роль другого плану. У 2000 році Круз знявся в довгоочікуваному хіт-параді "Mission: Impossible 2", поряд з Ентоні Хопкінсом, Тенді Ньютон і Вінгом Реймсом. Найближчі проекти включають Vanilla Sky, разом з Кемерон Діас та Пенелопою Круз, а також Minority Report, проект режисера Стівена Спілберга.
Круз - відданий член Церкви Саєнтології. Вони з Кідманом розподілили час між будинками в Лос-Анджелесі, Нью-Йорку, Колорадо та Сіднеї.