У разі кукурудзяної алергії білок (зеанін) у кукурудзі викликає реакцію гіперчутливості. Цей білок розглядається нашим організмом як антиген, і як тільки наша імунна система реагує на нього, виробляючи антитіла, ми можемо відчувати алергічні симптоми після споживання найближчої кукурудзи або її похідних.
Симптоми можуть бути слабкими, такі як головний біль, висип, екзема, свербіж у роті, нежить, астма або відчуття млявості. У більш важких випадках можуть спостерігатися мігрень, коливання артеріального тиску, набряк рота та дихальних шляхів, утруднене ковтання та дихання, нудота, блювота, діарея, гіперактивність (у дітей), але навіть прискорене серцебиття, втрата свідомості та шок кровообігу. Симптоми різняться за ступенем тяжкості, варіюються в залежності від людини і не завжди можуть бути однаковими у будь-якої людини.
Кукурудзяна алергія є рідкісним розладом харчування, але він також може викликати дуже важкі симптоми після вживання їжі або напоїв, що містять кукурудзу. Ця алергія може розвинутися, коли імунна система людини з будь-яких причин ослаблена (наприклад, курс антибіотиків) і тому прагне захистити наш організм від білків, які він вважає небезпечними, надмірно реагуючи. Найчастіше це відбувається, коли хтось чутливий до глютену і переходить на споживання безглютенових великомасштабних продуктів, які переважно виготовляються з кукурудзи. Оскільки організм і так чутливіший до білків зерна, алергія на кукурудзу може розвинутися дуже швидко.
У багатьох випадках за алергією на кукурудзу існує прихована непереносимість глютену.