Він створив сильну армію і був настільки впевнений у своєму успіху, що не вважав за необхідне перешкоджати висадці Цезаря в Греції. Перший бій відбувся під Діррахі в Епірі. Цезар зазнав тут незначної поразки. Помпей не цікавився Цезарем. Замість переслідування він зосередився на нагородженні своїх прихильників владою.
Однак Цезар швидко видужав. Хоча у нього було набагато менше сили, він переміг армію Помпея в битві при Фарсарі в Фессалії (6 червня 48 р. До н. Е.). Для Помпеїв Фарсал був скоріше різаниною, ніж битвою, з втратами Цезаря мінімальними. Помпей навіть не дочекався капітуляції своїх військ і поїхав до Єгипту просити про допомогу Птолемея XIII. Однак він до нього не дістався. Король, який не хотів давати приводу Цезарю для в'їзду до його країни, вбив Помпея, коли той вийшов на берег. Потім він направив голову до Цезаря - і Цезар відвідав його. 2.6.4. Єгипет
Смерть Помпея не закінчила громадянської війни. Кілька його послідовників втекли до Африки та Іспанії та взяли під контроль кілька міст. Єгипет потрясли суперечки між Птолемеєм XIII. та його сестра і співправитель Клеопатра. Цезар не мав права втручатися, але у нього була армія. Він скинув Птолемея і встановив іншого Птолемея на престолі. Звалений цар намагався отруїти Цезаря, але безуспішно. Він виховав жителів Олександрії. Повстання переросло у війну, і Цезарю довелося спалити його флот, щоб він не потрапив до рук повстанців. З цієї нагоди знамениту олександрійську бібліотеку перетворили на попіл. Зрештою Цезар переміг, відкривши шлях для подальшого перетворення Єгипту в римську провінцію. Втручаючись в Єгипет, Цезар здобув вдячність Клеопатри, і, як відомо, не лише вдячність. Йому було 52 роки, і Клеопатра могла бути його дочкою, але розрив поколінь, мабуть, їх не турбував. Вони провели дев'ять місяців разом. 2.6.5. Кінець громадянської війни
Року 47 с. n. л. Фарнакес, син Мітрідата, піднявся, і Цезареві довелося обміняти єгипетський мир на похід Бітіні. За всю війну була лише одна битва поблизу міста Зеле, і після цього Цезар оголосив Риму: "Я прийшов, побачив, переміг". Цей veni, vidi, vici є, мабуть, найкоротшим описом перебігу та результатів війни, які знає історія. Року 46 с. n. л. розгромив Сципіона під Тапсом у Північній Африці за підтримки нумідійського царя Джуба. Потім Утіку був окупований без бою, коли його захисник Като Младші вчинив самогубство з відчаю через марність оборони. Через рік він переміг синів Помпея Гнею та Секста в Іспанії. Року 46 с. n. л. Цезар святкує чотири тріумфи: за перемогу над Галлією, Єгиптом, Фарнаком та Джубом.