Примітки про дослідження
Родовідний аналіз овець Санта-Інса та наслідки інбридингу на особливості продуктивності
Ана Карла Борхес Барбоза а
Габріелі деВоуза Романо аВ
Джонатан Михайло Дель Солар Веларде аВ
VГctorВ Breno Pedrosa cВ
Лус Фернандо Батиста Пінто а * В
Федеральний університет Баїя, Школа ветеринарної медицини та зоотехніки, Av. Adhemar de Barros, 500, Ондіна, Сальвадор - BA, 40170-110. Бразилія.
b Університет Сан-Паулу. Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Бразилія.
c Державний університет Понта-Гросса. Зоотехнічний відділ. Пр. Бразилія.
Ключові слова Предки; Чисельність населення; Відносини; Варіативність
Ключові слова Предки; Ефективна чисельність населення; Спорідненість; Варіативність
Набір даних
Остаточний набір даних включав 11 564 тварин у родоводі, народжених між 2003 і 2011 роками, який веде Державна асоціація заводчиків коз та овець Сергіпе (Асоціація заводчиків коз та овець Сергіпана - ASCCO). Зафіксованими ознаками були: вага при народженні (PC1) та у віці 60 (PC60), 180 (PC180) та 270 (PC270) днів. Щоденний приріст ваги розраховували від народження до 60 днів (ВВП1), від 60 до 180 (ВВП2) та від 60 до 270 (ВВП3) днів.
y - вектор фенотипових значень;
b - вектор фіксованих ефектів сучасної групи, вік коваріантного репродуктора та вік тварини;
X - матриця випадковості, яка пов'язує спостереження в y з фіксованими ефектами в b;
a - прямий адитивний вектор випадкового ефекту;
Z - матриця випадковості, яка пов'язує спостереження в y з прямими адитивними випадковими ефектами в a;
m - вектор випадкового ефекту материнської добавки;
M - матриця, яка пов'язує спостереження в y з адитивним ефектом матері в m;
Материнський компонент Mm був скоригований лише для ознак PC1, PC60 та GDP1. У наборі даних, використаному в цьому дослідженні, було мало телят на овець. Таким чином, постійний материнський ефект та вплив посліду на навколишнє середовище були перевірені, але представляли такі проблеми, як неконвергенція або суперечливі оцінки параметрів. Тому було вирішено не включати ці ефекти до остаточної моделі. Крім того, набір даних продемонстрував низьку кількість інбредних заводчиків, і тому цей ефект не був включений у модель.
Припущення моделей для аналізу можна просто представити наступним чином:
Сучасна група (КГ) складалася з тварин однієї ферми (45 рівнів), статі (чоловічої чи жіночої статі), типу народження (одинокі та близнюки), року (з 2003 по 2011 рік) та сезону народження (сухий чи дощовий). Сучасні групи з менш ніж трьома тваринами були виключені з аналізу. У таблиці 1 наведено кількість КГ на ознаку та описову статистику для всіх ознак.
Таблиця 1: В Розмір вибірки (N), кількість сучасних груп (CG), середнє та стандартне відхилення (SD) ознак В
| Вага при народженні | 10232 | 291 | 3.63 | 0,80 |
| Вага 60 днів (відлучення) | 6277 | 319 | 15.94 | 5.77 |
| Вага в 180 днів | 4541 | 403 | 31.9 | 11.16 |
| Вага в 270 днів | 3328 | 374 | 39,7 | 14.5 |
| Щоденний приріст ваги від народження до 60 днів | 5786 | 319 | 171,73 | 64,87 |
| Щоденний приріст ваги від 60 до 180 днів | 3229 | 403 | 149,43 | 67,84 |
| Щоденний приріст ваги від 60 до 270 днів | 1863 рік | 374 | 69,17 | 26,83 |
| Селекціонери | 4742 | ---- | ---- | ---- |
| Жеребці | 391 | ---- | ---- | ---- |
1 Вага та приріст ваги вимірювались у кілограмах.
Змішану модель використовували для перевірки впливу інбридингу на фенотипові значення:
i i j - фенотипове значення ознаки;
Ој - глобальне середнє значення;
C G i - фіксований ефект сучасної групи;
О ± i j I - фіксований ефект рівня коефіцієнта коваріального інбридингу;
ОІ i j D - фіксований ефект віку коваріантних селекціонерів;
О´ i j A - фіксований ефект віку коваріантної тварини;
Оі i j G - випадковий ефект вартості коваріантного потомства;
i i j - значення ознаки розплоду;
Ој - глобальне середнє значення;
О ± i j I - фіксований ефект рівня коефіцієнта коваріального інбридингу;
Для оцінки коефіцієнтів регресії інбридингу для всіх ознак була використана змішана процедура програмного забезпечення SAS 17. Рівень значимості для оголошення ефекту інбридингу становив 5%.
Цілісність родоводу
Рисунок 1В Родовід та рівень ідентифікації предків до третього поколінняВ
Рисунок 2: В Середні інбридинги (F), ефективний розмір популяції (Ne) та середні значення інбридингу для DWG3 за родом народження В
Найбільший приріст інбридингу спостерігався в еквівалентному поколінні (табл. 2). Найбільша кількість споріднених тварин була зосереджена від 0 до 10% коефіцієнта спорідненості, і лише 263 тварини показали F> 10%. Інтервал генерації для кожного з чотирьох шляхів батьків-дітей показав у середньому 3,37 (табл. 2). Оцінки середнього коефіцієнта інбридингу коливались від нуля до 6,25% протягом усього покоління (табл. 3), а середній інбридинг становив 1,40%, якщо враховували лише інбредних тварин. Оцінки середнього коефіцієнта інбридингу коливались від 0,22 до 0,52% протягом усього покоління (табл. 3), а загальний середній коефіцієнт інбридингу становив 0,47%. Коефіцієнт інбридингу мав найнижче значення у 2004 р. (0,19%), а найвище - у 2008 р. (2,86%) (рис. 2).
Таблиця 3В Кількість тварин (N) за поколінням з відповідним середнім коефіцієнтом інбридингу (F) та середнім коефіцієнтом інбридингу (AR) В
| 1 | 7562 | 0,00 | 0,22 |
| два | 2901 | 0,88 | 0,45 |
| 3 | 844 | 2.42 | 0,51 |
| 4 | 210 | 3.81 | 0,51 |
| 5 | 57 | 3.82 | 0,52 |
| 6 | 1 | 6.25 | 0,43 |
Таблиця 4В Коефіцієнти регресії ефектів інбридингу на продуктивність ознак В
| ХП при народженні | 0,0054 | 0,0015 | 0,0004 | -0,0049 | 0,0006 | 0 як фенотиповий запис. Щоб уникнути цієї другої проблеми, було вирішено оцінити вплив інбридингу на племінні цінності. Результати (табл. 4) вказували на значний вплив інбридингу в цих значеннях на всі ваги тіла (PC1, PC60, PC180 та PC270). Крім того, коефіцієнти регресії були негативними, що більш відповідає попереднім дослідженням, опублікованим на вівцях 26, 27, 28 . |
Коефіцієнти регресії для ВВП2 та ВВП3 були вищими, ніж (0,263 € ± 0,116 €), що повідомлялося для щоденного приросту ваги від 90 до 365 у овець Sandyno 4, і нижчими, ніж розрахункові для щоденного приросту ваги від 90 до 180 (€ 1810 В) ± 0,017) та від 90 до 365 (€ 1345 ± 0,083) у балуцьких овець 2. Чи було виявлено вплив на щоденний приріст ваги, а на вагу тіла - суперечливим, але це легко пояснити. Кількість тварин з рекордами для РС60, РС180 та РС270 відрізнялася від кількості тварин з рекордами за ВВП2 та ВВП3, оскільки для розрахунку щоденного приросту ваги необхідно мати чотири дані від однієї і тієї ж тварини (початковий та кінцевий ПК і вік початковий і кінцевий). Це сталося не з усіма тваринами в наборі даних, з якими ми працювали. Коли використовували племінні значення, ця проблема була вирішена, оскільки всі тварини мають оцінки племінних цінностей за всіма ознаками. У таблиці 4 можна помітити, що цієї невідповідності практично не існувало, коли вплив інбридингу оцінювали на показники відтворення (табл. 4), що свідчить про більш послідовний результат.
2. Голізадеха М., Гафурі-Кесбі Ф. Інбридингова депресія за ознаками росту балуцьких овець. Невеликі жуйні тварини 2016; 144: 184-190. [В Посилання]
3. Yeganehpur Z, Roshanfekr H, Fayazi J, Beyranvand MH. Інбридингова депресія за ознаками росту іранських овець Лорі. Rev Colomb Cienc Pec 2016; 29: 264-273. [В Посилання]
4. Venkataramanan R, Subramanian A, Sivaselvam SN, Sivakumar T, Sreekumar C, Iyue, M. Вплив інбридингу та індивідуальне збільшення інбридингу на ріст в породах овець Нілагірі та Сандіно. Anim Genet Resour 2016; 58: 63-71. [В Посилання]
5. Щерф Б.Д. Світовий список спостереження за різноманітністю домашніх тварин. 3-е вид., Італія, АТ, 2000. [В Посилання]
6. Barros EA, Бразилія LHA, Tejero JP, Delgado-Bermejo JV, Ribeiro MN. Структура популяції та генетична мінливість породи овець Segure ± через аналіз племінних даних та вплив інбридингу на ознаки росту. Резолюція дрібних жуйних тварин 2017; 149: 128-133. [В Посилання]
7. Мохтарі М.С., Шахрбак М.М., Есмайлізадех А.К., Шахрбак Х.М., Гутьєррес Й.П. Родовідний аналіз ірансько-чорних овець та інбридинг-вплив на ознаки росту та розмноження. Резюме дрібних жуйних тварин 2014; 116: 14-20. [В Посилання]
8. Гоуейн Г.Р., Пракаш V, Чопра А, Принц LLL. Структура популяції та вплив інбридингу на ріст баранини у овець Бхарат-мериносів. Резолюція дрібних жуйних тварин 2013; 114: 72-79. [В Посилання]
9. Мохтарі М.С., Шахрбак М.М., Есмайлізаде АК, Абдоллахі-Арпанахі Р., Гутьєррес Дж. Генетичне різноманіття овець Кермані оцінено за племінним аналізом. Резолюція дрібних жуйних тварин 2013; 114: 202-205. [В Посилання]
10. Лінч М, Уолш Б. Генетика та аналіз кількісних ознак. 1-е видання, США, Sinauer Associates, 1998. [В Посилання]
11. Бреда ФК, Евкліди РФ, Перейра КС, Торрес РА, Карнейро ПЛС, Сарменто ЖЛР, Торрес Фільо РА, Мойта АКФ. Інбридинг та межа відбору в окремих популяціях, отриманих за допомогою моделювання. Rev Bras Zootec 2004; 33: 2017-2025. [В Посилання]
12. Педроса В.Б., Сантана-Джуніор М.Л., Олівейра П.С., Елер JP, Ферраз JBS. Структура популяції та інбридинг впливає на ознаки росту овець Санта-Інґ в Бразилії. Резолюція дрібних жуйних тварин 2010; 93: 135-139. [В Посилання]
13. Teixeira-Neto MRT, Cruz JF, Carneiro PLS, Malhado CHM, Faria HHN. Параметри populacionais для кореня овець Санта-Ініос в Бразилії. Pesq Agropec Bras 2013; 48: 1589-1595. [В Посилання]
15. Meuwissen TI, Luo Z. Обчислення коефіцієнтів інбридингу у великих популяцій. Genet Sel Evol 1992; 24: 305-313. [В Посилання]
16. Groeneveld E, Westhuizen BVD, Maiwashe A, Voordewind F, Ferraz JBS. POPREP: загальний звіт для управління популяцією. Genet Mol Res 2009; 8 (3): 1158-1178. [В Посилання]
17. SAS. Посібник користувача SAS/STAT (Випуск 13.1). Вступ до змішаних процедур моделювання. США, SAS institute Inc., 2013. [В Посилання]
18. Groeneveld E, KovaЌ M, Mielenz N. VCE Посібник користувача та довідковий посібник (Випуск 6.0). Німеччина, 2010. [В Посилання]
19. Groeneveld E, Kovac M, Mielenz N. PEST2 Посібник користувача та довідковий посібник (Випуск 2.0). Німеччина, 2009. [В Посилання]
20. Eteqadi B, Hossein-Zadeh NG, Shadparvar AA. Структура популяції та інбридинг-вплив на ознаки маси тіла овець Гвілан в Ірані. Резолюція дрібних жуйних тварин 2014; 119: 45-51. [В Посилання]
21. Яваріфард Р, Хоссейн-Заде Н.Г., Шадпарвар А.А. Аналіз генетичної структури популяції та вплив інбридингу на вагу тіла в різному віці в іранських мехрабанських овець. J Anim Sci Tech 2014; 56: 34. [В Посилання]
22. Родрігес Д.С., Рібейро М.Н., Олівейра СМП, Ліма ФАМ, Вільярроель АБС, Пачеко ACL, Сантос Л. Структура популяції зрізу RaГa Morada nova як внесок у збереження. Cienc Rural 2009; 19: 103-110. [В Посилання]
23. ФАО. Вторинні вказівки щодо розробки національних планів управління генетичними ресурсами сільськогосподарських тварин: Управління малими популяціями, що знаходяться під загрозою Італія, ФАО, 1998. [В Посилання]
24. Норберг Е, Соренсен AC. Тенденція інбридингу та інбридингова депресія у датських популяціях Тексель, Шропшир та Оксфорд Даун. J Anim Sci 2007; 85: 299-304. [В Посилання]
25. Patiabadi Z, Varkoohi S, Savar —Sofla S. Інбридинг та інбридингова депресія за масою тіла у іранських овець Шал. Iran J Appl Anim Sci 2016; 6: 887-893. [В Посилання]
26. Drobik W, Martyniuk E. Інбридинг та його вплив на плодовиту популяцію овець польської олькуски. Small Rumin Res 2016; 137: 28-33. [В Посилання]
27. Хуссейн А, Ахтар П, Алі С, Юнас М, Шафік М. Вплив інбридингу на ознаки росту перед відлученням у овець таллі. Pak Vet J 2006; 26: 138-140. [В Посилання]
28. Analla M, Montilla JM, Serradilla JM. Вивчення мінливості реакції на інбридинг для виробництва м’яса у овець мериносів. J Anim Breed Genet 1999; 116: 481-488. [В Посилання]
Отримано: 16 травня 2018 р .; Затверджено: 23 березня 2019 р
В Це стаття з відкритим доступом, що розповсюджується на умовах ліцензії Creative Commons Attribution