Територія геопарку Бранисько входить до двох різних геоморфологічних одиниць, які утворюють унікальне середовище з району з точки зору геологічної будови. Ця територія складається з двох основних геологічних утворень. Одним є утворення внутрішньокарпатського палеогену гірського масиву Бачуреш, а другим - кристалічний, палеозойський та мезозойський комплекси гір Татр та північний вепор гірського масиву Браниско.
Північно-західна частина заповідної зони побудована формаціями внутрішньокарпатського палеогену, який утворений пісковиками в перевазі невапняних глинистих порід Білопотокської свити. Пісковики такого утворення складаються переважно з пісковиків субпродуктів, аркоз та епізодично з вапнякових пісковиків. Вони створюють лавки товщиною 50 - 200 см. Покриття оксидів Mn і Fe часто виникають на шаруватих поверхнях і тріщинах. Залишки конгломератного флішу, який є конгломератом і пісковиком, знаходяться в західній частині і досягають максимальної товщини 150 м.
