поліморфізмів

  • Резюме
  • Мета:
  • Методи:
  • Результати:
  • Завершення:
  • Вступ
  • Матеріали і методи
  • Предмети
  • Препарат ДНК
  • Відбір поліморфізму та генотипування
  • статистичний аналіз
  • Результати
  • Характеристики зразка
  • Частоти генотипування та алелів
  • Асоціація генів SOCS3 з кількісними ознаками, пов’язаними з ожирінням.
  • Загальний аналіз
  • Стратифікований аналіз національності.
  • Аналіз лінійної регресії.
  • Обговорення
  • Внесок автора

Резюме

Мета:

Ген SOCS3 відіграє важливу роль у патогенезі ожиріння на моделях тварин, але дані досліджень на людях відносно обмежені. Для вирішення цієї проблеми був проведений аналіз генетичної асоціації для національностей з різним генетичним походженням, які живуть в подібних умовах навколишнього середовища.

Методи:

Дві тисячі сімсот одинадцять підданих були випадковим чином набрані з казахської, уйгурської та ханьської національностей у Синьцзяні, Китай. Поліморфізми SNP rs4969168 та rs9892622 всередині або поблизу гена SOCS3 генотипували за допомогою аналізу TaqMan-MGB ™. Було проведено дослідження асоціації між двома поліморфізмами та ознаками ожиріння (індекс маси тіла [ІМТ]; співвідношення талії та стегна [WHR]; вимірювання ваги, зросту, талії та стегна).

Результати:

Виявлено значну зв'язок між rs4969168 та ознаками ожиріння, включаючи ІМТ (25,32 ± 3,49 кг/м 2 для АА, 24,60 ± 3,70 кг/м 2 для АГ, 24,39 ± 3,42 кг/м 2 для ГГ, Р = 0,042), вага (65,58 ± 11,42 кг для АА, 63,50 ± 11,30 кг для АГ, 62,00 ± 10,78 кг для ГГ, Р = 0,011) у ханьської національності, але не в казахської та уйгурської національностей. Rs9892622 суттєво асоціювався з ІМТ, WHR та талією у уйгурських чоловіків. Rs9892622 також асоціювався з ІМТ у казахських чоловіків. Лінійний регресійний аналіз підтвердив вищезазначені результати. Однак жоден з двох поліморфізмів не був пов’язаний із ознаками ожиріння в загальній популяції.

Завершення:

Поліморфізм rs4969168 всередині або поблизу гена SOCS3 має значний вплив на національність хань, тоді як rs9892622 був пов'язаний з ожирінням уйгурської та казахської національностей в Синьцзяні Китаю.

Вступ

Ожиріння є основною проблемою охорони здоров'я у всьому світі, що зачіпає людей усіх вікових груп та національностей 1. За даними Всесвітньої організації охорони здоров’я (ВООЗ), у всьому світі живе до 1 мільярда людей із надмірною вагою, з яких 300 мільйонів будуть класифіковані як клінічно ожиріні (www.who.int). Крім того, ситуація в більшості розвинених країн є більш серйозною. Ожиріння є основним фактором ризику для багатьох проблем зі здоров'ям, таких як хвороби серця, цукровий діабет типу 2 та більшість видів раку.2; Крім того, це становить до 7,8% загальних витрат на медичне обслуговування в розвинених країнах 3. Численні дослідження намагалися проілюструвати патогенез ожиріння.

У цьому звіті основна увага приділяється асоціації між геном SOCS3 та ознаками, пов’язаними з ожирінням, у національностей казахстан, уйгур та хань провінції Синьцзян Китаю. Два поліморфізми SNP були відібрані на основі даних поліморфізму тегу проекту HapMap та попередніх досліджень G щодо SOCS3 та цукрового діабету 2 типу: метааналіз чотирьох незалежних досліджуваних груп. PLoS One 2008; 3: e3852. "Href =/articles/aps201184 # ref11 aria-label =" Reference 11 "data-track = click data-track-label = link> 11, 12. Поліморфізм - це поліморфізм A + 930 → G (rs4969168), який міститься в 3'UTR гена SOCS3, який є SNP (htSNP), який достатньо позначає гаплотип і в достатній мірі охоплює генетичні варіації всього гена. Інший SNP, вибраний для цього дослідження, - rs9892622 A → G, варіант частоти, близький до до гена, який знаходиться в промоторній області вище за геном SOCS3 і, як видається, є розумним функціональним кандидатом для локусу SOCS3 та ожиріння.

Матеріали і методи

Предмети

Суб'єкти (n = 2711) були набрані з трьох рас з Синьцзяна в Китаї. Всі випробовувані пройшли звичайний медичний огляд і були обрані випадковим чином, включаючи 1045 казахів, 804 уйгури та 862 ханьки у віці від 19 до 87 років. Місцевий комітет з питань етики схвалив дослідження, і всі учасники дали свою поінформовану згоду. Висоту стояння (висоту) вимірювали (з точністю до 0,01 м) за допомогою стадіометра. Вагу тіла (вага) вимірювали (з точністю до 0,01 кг) за допомогою зважувальної машини. Індекс маси тіла (ІМТ) розраховували як вагу в кілограмах, поділену на квадрат зросту в метрах. Нарешті, окружність талії (WAIST), окружність стегон (HIP) та співвідношення талії та стегон (WHR) визначали, як описано раніше 13 .

Препарат ДНК

Геномну ДНК екстрагували з лейкоцитів периферичної крові всіх зразків методом екстракції фенол-хлороформової нуклеїнової кислоти. Концентрації геномної ДНК у зразках вимірювали за допомогою спектрофотометра NanoDrop (Thermo Fisher, Бостон, Массачусетс, США) та оцінювали для аналізу, коли співвідношення довжин хвиль 260/280 коливалось від 1,7–2,0. Потім зразки геномної ДНК розбавляли до 10 нг/мкл як робочу концентрацію.

Відбір поліморфізму та генотипування

Вибрано два варіанти SNP rs4969168 та rs9892622. Rs4969198 було обрано як tagSNP для охоплення всіх пов’язаних поліморфізмів у SOCS3, які базуються на нещодавно опублікованих даних HapMap. Оскільки загальні варіанти сприйнятливі до загальних захворювань, ми обрали інший потенційний функціональний локус із відносно високою частотою, rs9892622, в промоторній області SOCS3. Генотипування проводили за допомогою аналізу 5'-нуклеази TaqMan-MGB ™ у 384-лункових планшетах та системі виявлення послідовностей ABI PRISM 7900HT (Applied Biosystems, Фостер-Сіті, Каліфорнія, США). Вихідні дані були прочитані в кінцевій точці та згруповані в три групи, що представляють три генотипи.

статистичний аналіз

Результати

Характеристики зразка

Після вилучення зразків з відсутніми даними залишилася загальна популяція з n = 2667 проб, що включала всі три раси, казахську, уйгурську та ханьську; Кількість проб кожної раси та їх відсоток від загальної сукупності вибірки становили 1017 (38,14%), 798 (29,92%) та 852 (31,94%), відповідно. Розподіл характеристик вибірки (середнє значення ± SD ознак, пов’язаних із ожирінням, та розподіл генотипів поліморфізмів SNP) у кожній національності наведено в таблиці 1. Статистичні відмінності цих варіантів між національностями були визначені за допомогою тесту Fisher LSD . Дані показали, що всі варіанти (вік, ІМТ, вага, зріст, WHR, WAIST, HIP, rs4969168 та rs9892622) статистично відрізнялися між трьома національностями і вказували на те, що аналіз взаємодії генетичних поліморфізмів та факторів середовища в загальна кількість населення була б недоречною; швидше, окремий аналіз наслідків взаємодії в межах окремих груп населення кожної національності був би більш доцільним.

Повний розмір таблиці

Розподіл варіантів, крім поліморфізмів, у різних статей також статистично аналізували за незалежними зразками в t-тесті (табл. 2). Встановлено, що варіанти, крім WHR, суттєво відрізняються між чоловіками та жінками. Розподіл генотипічного поліморфізму у різних статей аналізували за допомогою критерію χ 2-квадрат; не було виявлено відмінностей у частоті генотипів між статями, що свідчить про відсутність упередженості чи помилки в написанні.

Повний розмір таблиці

Частоти генотипування та алелів

Рівень успішності генотипування rs4969168 та rs9892622 становив 97,4%. Частоти алелів SOCS3 rs4969168 та rs9892622 були зібрані для загальної сукупності та кожної субпопуляції (класифіковано за расою) (Таблиця 1). У казахській, уйгурській та ханьській субпопуляціях частоти алелів для rs4969168 становили відповідно 0,582, 0,625 та 0,572, а частоти алелів для rs9892622 - 0,453, 0,499 та 0,452 відповідно. Не було відхилення від рівноваги Харді-Вайнберга в жодній групі (Р> 0,05). Одностороння ANOVA була використана для визначення того, що розподіл поліморфізмів статистично відрізнявся між трьома національностями.

Асоціація гена SOCS3 з кількісними ознаками, пов’язаними з ожирінням.

Загальний аналіз

Зв'язок двох поліморфізмів (rs4969168 та rs9892622) з ІМТ, WHR, зростом, вагою, талією та HIP визначали одностороннім ANOVA з тестом SNK, проте не було виявлено жодних доказів зв'язку між кожним із двох поліморфізмів та кількісним вище загальної кількості населення.

Стратифікований аналіз національності.

Повний розмір таблиці

Повний розмір таблиці

Для rs9892622 не спостерігалось значної різниці щодо ознак ожиріння у загальній популяції. Статистично значущі результати з'явилися лише в чоловічій субпопуляції уйгурської групи, але очевидна тенденція не могла бути узагальнена з наборів даних (Таблиці 5 і 6).

Повний розмір таблиці

Повний розмір таблиці

Аналіз лінійної регресії.

Подібно до rs4969168, не було доказів зв’язку між rs9892622 та ознаками, пов’язаними з ожирінням, у загальній популяції, однак у стратифікованому аналізі виявилася значна асоціація. Цікаво, що на відміну від rs4969168, rs9892622 асоціювався з ІМТ, вагою та талією в казахському та уйгурському населеннях, а не в ханському.

На закінчення: якщо контроль ваги приписується різним патогенним факторам або розподілу етнічних гаплоблоків, генетичний фон, схоже, відіграє основну роль. Виходячи з наших поточних даних, і rs4969168, і rs9892622 пов'язані з ожирінням, а ефект асоціації різний залежно від національності та статі. Потрібні додаткові дослідження для картографування патогенних локусів та виявлення функціонального впливу SOCS3 на ожиріння.

Внесок автора

Вей ТАНГ розробив дослідження, виконав експерименти та написав статтю; Йонгуань ШІ та Чжи-мін ЛІУ розробили дослідження та написали статтю; Цзю-цзи ЦЗУ та Цзяо-ян Чжень внесли аналітичні інструменти; і Xiang-fang CHEN та Hua-zong ZENG проаналізували дані.