Протипоказаннями до мезотерапії є індекс маси тіла більше 30, відома гіперчутливість до будь-якого з компонентів, молодше 18 років, вагітність, лактація, пацієнти, які отримують антикоагулянти. Пацієнти, які отримують ліки від серця (такі як аміодарон, гідралазин, блокатори кальцію, бета-адреноблокатори), такі захворювання, як інсулінозалежний діабет, розлади печінки та нирок, СНІД, судомні напади та вовчак.
У медицині чи охороні здоров'я буде прийнята будь-яка нова техніка/терапія чи ліки (залежно від проблеми), якщо вона є більш ефективною або безпечнішою, або бажано обома, і не в останню чергу, якщо вона є економічно ефективною. Суть мезотерапії полягає в тому, що немає суворих наукових досліджень, які б порівнювались із існуючими режимами стандартної терапії в даному стані. Однак до сьогодні не бракує знань про ефективність, механізми дії та довгострокові наслідки мезотерапії.
Наявні наукові докази мають низьку чи навіть недійсну силу. Можливо, нам доведеться почекати, поки ці типи досліджень приймуть мезотерапію як стандартний режим терапії в косметичній медицині.
Мезотерапію застосовують близько 16 000 американських лікарів у своїй щоденній медичній практиці, за даними публікації журналу, присвяченого мезотерапії (American Journal of Mesotherapy), кількість лікарів, які навчаються мезотерапії, зростає на 300 на місяць, засновані клініки у відомих лікарнях застосовують мезотерапію у центрах по всьому світу, і вони проводять численні міжнародних конгресів. Американська академія естетичної медицини - одна з провідних організацій, яка виступає за якісну підготовку лікарів та професійну оцінку для сертифікації з мезотерапії. Тому не можна занижувати стверджувати, що мезотерапія стрімко набирає популярність як спеціалізована дисципліна як серед терапевтів, так і серед громадськості.
Докази варіюються від безпеки та ефективності в одній крайності до популярності в іншій, при цьому заглядаючи в області невизначеності та суперечок.